A protestáns irányzatokkal szemben a katolikus egyház sokáig tehetetlennek bizonyult. Mohácsnál az ország főpapjai közül sokan életüket vesztették. Hivatalaikat sokszor sem Ferdinánd, sem Szapolyai János nem töltötte be, vagy ha igen, akkor nemegyszer világi vagy épp protestáns személlyel.

Az első elhivatott katolikus főpap Oláh Miklós esztergomi érsek (1553—1568) volt (a zárójelben szereplő évszámok érsekségének időtartamát jelölik). Ekkorra a török már elfoglalta Esztergomot, így a magyar egyház feje Nagyszombatba helyezte át székhelyét. Oláh tudta, hogy a protestantizmus az egész országban elterjedt. A főpap javítani akarta papjainak képzését. Behívta a kor nagy hatású és igen képzett szerzeteseit, a jezsuitákat az országba. Oláh érseksége alatt zajlott le az európai katolikus egyházat megújító tridenti (ma Trento, Észak-Olaszország) zsinat. A zsinat katolikus egyházat megújító döntéseit Oláh Miklós igyekezett saját országában is megvalósítani. Utódai azonban erre már sokkal kevésbé voltak alkalmasak.

A király, I. Miksa (1563—1576) közömbös volt a vallás kérdésében. Bár ő maga katolikus volt, szíve mélyén a protestánsokat támogatta. I. Miksa uralkodása végére az ország legnagyobb része protestánssá lett. A következő császár és király, Rudolf (1576—1608) azonban már a katolicizmust akarta államvallássá tenni. Jó néhány templomot elvett a protestánsoktól, köztük a kassai dómot is. Ám a magyarság az erőszaknak nagyobbrészt ellenállt. A katolikus főpapok fölismerték, hogy a vallást csak meggyőzéssel lehet terjeszteni: nem elég a hatalmi eszközökkel támogatott ellenreformáció, belső megújulása is szükség van.

Ennek élére Pázmány Péter esztergomi érsek (1616—1637) állt. Pázmányt a jezsuiták nevelték, s kezdetben maga is ennek a harcos rendnek a tagja volt. Remekül megtanult érvelni, vitatkozni. Nemcsak a katolikus egyház tanítását ismerte kiválóan, hanem ellenfeleinek gondolatvilágát is. Fő műve az Isteni igazságra vezérlő Kalauz címet viselte. Ebben és számos más könyvében vitába szállt a protestáns írók azon véleményével, hogy az ország romlását, a török hódítást a Rómához hű egyház bűnei idézték elő. Szellemes fordulattal állította: amíg nem volt Luther, a török sem tudta megszállni az ország nagy részét. Egyedül a protestánsok visszatérítése hozhatja létre a magyar nemzet egységét, ami nélkül szerinte lehetetlen kiűzni a törököt. Ezt oly fontosnak tartotta, hogy még a pápasággal is vitába keveredett.

Pázmány azt is tudta, hogy nem elegendő csupán megcáfolni a protestáns tanításokat. Jól képzett, művelt és mélyen hívő papokat is kell adni egyházának. Ezért Bécsben papneveldét alapított, a Pázmáneumot. Arra is volt gondja, hogy a lelkészek mellett az egyházához hű világi értelmiséget is neveljen. Ebből a célból Nagyszombatban egyetemet hozott létre, amely máig is fönnáll (Mária Terézia óta Budára, II. József Pestre költöztette; ma: Eötvös Loránd Tudományegyetem). A hívek okulására Káldi György jezsuita szerzetessel magyarra fordíttatta és kiadatta a Bibliát. A 20. századig számos kiadást ért meg ez a fordítás is.

Pázmány törekvéseit csak részben koronázta siker. Sok faluban a plébánia mellett ismét működött katolikus iskola. A királyi Magyarországon a papság képzettségének színvonala emelkedett. Erdélyben ez a megújulás nem ment végbe. A Székelyföldön számos, magát katolikusnak tartó lelkész akadt, aki nem tudott misézni, és felesége is volt.

Pázmány halála után a katolikus egyház ügye ismét alárendelődött az uralkodói politikának. A Habsburg-uralkodók ugyanis az egész birodalomban ezt a hitet és vele a katolikus egyházat kívánták megerősíteni, aminek érdekében az erőszaktól sem riadtak vissza. Újra elvették a protestánsok templomait, és lelkészeiket elűzték. Ebben az erőszakos térítő politikában az uralkodót segítették a katolikus hitre tért főurak is. Száz évvel korábban a birtokaikon élőkre a lutheri tanokat kényszerítették rá, most az akkor elhagyott katolikus vallásra kellett áttérniük. Ám a kálvini prédikátorok által nevelt, a Bibliát anyanyelvükön olvasó jobbágyok és kisnemesek ezt nem mindig tűrték el. A katolikus papokat sok helyen elűzték.

Az 1500-as években a vallások ellentéte jórészt a hitvitákban mutatkozott meg, az 1600-as években számos példa akadt az erőszakra is, különösen a háborúk idején. Az erdélyi fejedelmekkel szemben a katolikusok többnyire a király oldalára álltak. Mind a két hiten lévő katonák gyakran követtek el kegyetlenségeket. Amikor Bethlen Gábor hadvezére, Rákóczi György 1619-ben megszállta Kassát, a csapatok három katolikus papot találtak a városban. Mindhármukat kegyetlenül megkínozták, és mivel nem voltak hajlandók hitüket megtagadni, kivégezték őket. A három vértanút, Kőrösi Márkot, Pongrácz Istvánt és a lengyel születésű Grodziecki Menyhértet az egyház felvette a szentek sorába. 1674-ben a hajdúk elfogták Csepellányi György füzéri plébánost, a pálos rend tagját. Meztelenül a Tisza partjára vitték, és napokig hagyták, hogy a szúnyogok véresre marják a papot. Hatvannapi kínzás után a katonák lefejezték. A budai pasa, értesülve Csepellányi hűségéről katolikus hitéhez, „Isten emberének” nevezte a barátot, és megparancsolta méltó eltemettetését.

A vallások közötti, erőszakba torkolló vetélkedés a hódoltságban csak ritkán fordult elő. A török ugyanis gondosan ügyelt arra, hogy az általa birtokolt területeken béke honoljon. Az ott élő katolikusok leginkább a papok hiányára panaszkodtak. Előfordult, hogy egy-egy lelkész vagy szerzetes bemerészkedett a törökök uralta területre, de letelepedniük ritkán sikerült (a Szegeden bántatlanul élő ferencesek kivételnek számítottak). Sok helyen a pap szerepét világi férfiak vették át.

A vallások közti ádáz vita és gyűlölet a 1800-as évek elejéig mindennapos volt Magyarországon. Az 1700-as években azonban már csak kivételesen fordult elő, hogy bármelyik fél erőszakhoz nyúlt volna. Mária Terézia korában megszűnt a katolikus vallás állami erőltetése is. Az uralkodónő a kiváló képzettségű veszprémi püspököt, Padányi Bíró Mártont több ízben megintette, amikor az protestáns templomokat adott át a katolikusoknak.