A protest�ns ir�nyzatokkal szemben a katolikus egyh�z sok�ig tehetetlennek bizonyult. Moh�csn�l az orsz�g f�papjai k�z�l sokan �let�ket vesztett�k. Hivatalaikat sokszor sem Ferdin�nd, sem Szapolyai J�nos nem t�lt�tte be, vagy ha igen, akkor nemegyszer vil�gi vagy �pp protest�ns szem�llyel.

Az els� elhivatott katolikus f�pap Ol�h Mikl�s esztergomi �rsek (1553—1568) volt (a z�r�jelben szerepl� �vsz�mok �rseks�g�nek id�tartam�t jel�lik). Ekkorra a t�r�k m�r elfoglalta Esztergomot, �gy a magyar egyh�z feje Nagyszombatba helyezte �t sz�khely�t. Ol�h tudta, hogy a protestantizmus az eg�sz orsz�gban elterjedt. A f�pap jav�tani akarta papjainak k�pz�s�t. Beh�vta a kor nagy hat�s� �s igen k�pzett szerzeteseit, a jezsuit�kat az orsz�gba. Ol�h �rseks�ge alatt zajlott le az eur�pai katolikus egyh�zat meg�j�t� tridenti (ma Trento, �szak-Olaszorsz�g) zsinat. A zsinat katolikus egyh�zat meg�j�t� d�nt�seit Ol�h Mikl�s igyekezett saj�t orsz�g�ban is megval�s�tani. Ut�dai azonban erre m�r sokkal kev�sb� voltak alkalmasak.

A kir�ly, I. Miksa (1563—1576) k�z�mb�s volt a vall�s k�rd�s�ben. B�r � maga katolikus volt, sz�ve m�ly�n a protest�nsokat t�mogatta. I. Miksa uralkod�sa v�g�re az orsz�g legnagyobb r�sze protest�nss� lett. A k�vetkez� cs�sz�r �s kir�ly, Rudolf (1576—1608) azonban m�r a katolicizmust akarta �llamvall�ss� tenni. J� n�h�ny templomot elvett a protest�nsokt�l, k�zt�k a kassai d�mot is. �m a magyars�g az er�szaknak nagyobbr�szt ellen�llt. A katolikus f�papok f�lismert�k, hogy a vall�st csak meggy�z�ssel lehet terjeszteni: nem el�g a hatalmi eszk�z�kkel t�mogatott ellenreform�ci�, bels� meg�jul�sa is sz�ks�g van.

Ennek �l�re P�zm�ny P�ter esztergomi �rsek (1616—1637) �llt. P�zm�nyt a jezsuit�k nevelt�k, s kezdetben maga is ennek a harcos rendnek a tagja volt. Remek�l megtanult �rvelni, vitatkozni. Nemcsak a katolikus egyh�z tan�t�s�t ismerte kiv�l�an, hanem ellenfeleinek gondolatvil�g�t is. F� m�ve az Isteni igazs�gra vez�rl� Kalauz c�met viselte. Ebben �s sz�mos m�s k�nyv�ben vit�ba sz�llt a protest�ns �r�k azon v�lem�ny�vel, hogy az orsz�g roml�s�t, a t�r�k h�d�t�st a R�m�hoz h� egyh�z b�nei id�zt�k el�. Szellemes fordulattal �ll�totta: am�g nem volt Luther, a t�r�k sem tudta megsz�llni az orsz�g nagy r�sz�t. Egyed�l a protest�nsok visszat�r�t�se hozhatja l�tre a magyar nemzet egys�g�t, ami n�lk�l szerinte lehetetlen ki�zni a t�r�k�t. Ezt oly fontosnak tartotta, hogy m�g a p�pas�ggal is vit�ba keveredett.

P�zm�ny azt is tudta, hogy nem elegend� csup�n megc�folni a protest�ns tan�t�sokat. J�l k�pzett, m�velt �s m�lyen h�v� papokat is kell adni egyh�z�nak. Ez�rt B�csben papneveld�t alap�tott, a P�zm�neumot. Arra is volt gondja, hogy a lelk�szek mellett az egyh�z�hoz h� vil�gi �rtelmis�get is neveljen. Ebb�l a c�lb�l Nagyszombatban egyetemet hozott l�tre, amely m�ig is f�nn�ll (M�ria Ter�zia �ta Bud�ra, II. J�zsef Pestre k�lt�ztette; ma: E�tv�s Lor�nd Tudom�nyegyetem). A h�vek okul�s�ra K�ldi Gy�rgy jezsuita szerzetessel magyarra ford�ttatta �s kiadatta a Bibli�t. A 20. sz�zadig sz�mos kiad�st �rt meg ez a ford�t�s is.

P�zm�ny t�rekv�seit csak r�szben koron�zta siker. Sok faluban a pl�b�nia mellett ism�t m�k�d�tt katolikus iskola. A kir�lyi Magyarorsz�gon a paps�g k�pzetts�g�nek sz�nvonala emelkedett. Erd�lyben ez a meg�jul�s nem ment v�gbe. A Sz�kelyf�ld�n sz�mos, mag�t katolikusnak tart� lelk�sz akadt, aki nem tudott mis�zni, �s feles�ge is volt.

P�zm�ny hal�la ut�n a katolikus egyh�z �gye ism�t al�rendel�d�tt az uralkod�i politik�nak. A Habsburg-uralkod�k ugyanis az eg�sz birodalomban ezt a hitet �s vele a katolikus egyh�zat k�v�nt�k meger�s�teni, aminek �rdek�ben az er�szakt�l sem riadtak vissza. �jra elvett�k a protest�nsok templomait, �s lelk�szeiket el�zt�k. Ebben az er�szakos t�r�t� politik�ban az uralkod�t seg�tett�k a katolikus hitre t�rt f�urak is. Sz�z �vvel kor�bban a birtokaikon �l�kre a lutheri tanokat k�nyszer�tett�k r�, most az akkor elhagyott katolikus vall�sra kellett �tt�rni�k. �m a k�lvini pr�dik�torok �ltal nevelt, a Bibli�t anyanyelv�k�n olvas� jobb�gyok �s kisnemesek ezt nem mindig t�rt�k el. A katolikus papokat sok helyen el�zt�k.

Az 1500-as �vekben a vall�sok ellent�te j�r�szt a hitvit�kban mutatkozott meg, az 1600-as �vekben sz�mos p�lda akadt az er�szakra is, k�l�n�sen a h�bor�k idej�n. Az erd�lyi fejedelmekkel szemben a katolikusok t�bbnyire a kir�ly oldal�ra �lltak. Mind a k�t hiten l�v� katon�k gyakran k�vettek el kegyetlens�geket. Amikor Bethlen G�bor hadvez�re, R�k�czi Gy�rgy 1619-ben megsz�llta Kass�t, a csapatok h�rom katolikus papot tal�ltak a v�rosban. Mindh�rmukat kegyetlen�l megk�nozt�k, �s mivel nem voltak hajland�k hit�ket megtagadni, kiv�gezt�k �ket. A h�rom v�rtan�t, K�r�si M�rkot, Pongr�cz Istv�nt �s a lengyel sz�let�s� Grodziecki Menyh�rtet az egyh�z felvette a szentek sor�ba. 1674-ben a hajd�k elfogt�k Csepell�nyi Gy�rgy f�z�ri pl�b�nost, a p�los rend tagj�t. Meztelen�l a Tisza partj�ra vitt�k, �s napokig hagyt�k, hogy a sz�nyogok v�resre marj�k a papot. Hatvannapi k�nz�s ut�n a katon�k lefejezt�k. A budai pasa, �rtes�lve Csepell�nyi h�s�g�r�l katolikus hit�hez, „Isten ember�nek” nevezte a bar�tot, �s megparancsolta m�lt� eltemettet�s�t.

A vall�sok k�z�tti, er�szakba torkoll� vet�lked�s a h�dolts�gban csak ritk�n fordult el�. A t�r�k ugyanis gondosan �gyelt arra, hogy az �ltala birtokolt ter�leteken b�ke honoljon. Az ott �l� katolikusok legink�bb a papok hi�ny�ra panaszkodtak. El�fordult, hogy egy-egy lelk�sz vagy szerzetes bemer�szkedett a t�r�k�k uralta ter�letre, de letelepedni�k ritk�n siker�lt (a Szegeden b�ntatlanul �l� ferencesek kiv�telnek sz�m�tottak). Sok helyen a pap szerep�t vil�gi f�rfiak vett�k �t.

A vall�sok k�zti �d�z vita �s gy�l�let a 1800-as �vek elej�ig mindennapos volt Magyarorsz�gon. Az 1700-as �vekben azonban m�r csak kiv�telesen fordult el�, hogy b�rmelyik f�l er�szakhoz ny�lt volna. M�ria Ter�zia kor�ban megsz�nt a katolikus vall�s �llami er�ltet�se is. Az uralkod�n� a kiv�l� k�pzetts�g� veszpr�mi p�sp�k�t, Pad�nyi B�r� M�rtont t�bb �zben megintette, amikor az protest�ns templomokat adott �t a katolikusoknak.